
Το 1992 ο Τσάμπερλεϊν παρουσίασε για πρώτη φορά καρδιακή αρρυθμία. Το 1999 η κατάστασή του επιδεινώθηκε. Έχασε αρκετό βάρος και υπέφερε από συνεχείς έντονους πόνους. Στις 12 Οκτωβρίου της ίδιας χρονιάς ο «μεγάλος βουτηχτής» (όπως ήταν το παρατσούκλι του από το γεγονός πως συνεχώς έσκυβε για να αποφύγει τα εμπόδια) άφησε στο Bel – Air την τελευταία του πνοή. Ο ατζέντης του Sy Goldberg δήλωσε στον Τύπο πως ο θάνατος του πελάτη του προήλθε από καρδιακή δυσλειτουργία. Παλιοί συμπαίκτες και αντίπαλοι μίλησαν για τον χαμό ενός από τα σύμβολα όχι μόνο του ΝΒΑ αλλά ολόκληρου του αθλήματος. Ο μεγάλος του αντίπαλος στα παρκέ αλλά και καλύτερος φίλος έξω από αυτά Bill Russell τον χαρακτήρισε "ατρόμητο" ενώ ο θρυλικός κόουτς των Σέλτικς Red Auerbach είπε πως η παρουσία του Τσάμπερλεϊν στάθηκε ζωτική για την επιτυχία ολόκληρου του ΝΒΑ. Ο Τζαμπάρ, ο Φιλ Τζάκσον και ο Μάικλ Τζόρνταν τον κατέταξαν ανάμεσα στους κορυφαίους παίκτες όλων των εποχών.